1、享受的一系列權力不同。
如果購房者在取得房屋后不能取得房屋所有權證，那么他所購的房屋所有權處在一種未經法定形式確定的狀態，購房者不能取得如下權利：
（1、不能買賣、置換、贈與、繼承、析產、轉讓不具有產權登記的房屋。如進行上述行為，也會因該行為違反國家法律的禁止性規定而被宣布無效，法律不予保護無效的民事行為，各方的損失只能由各方自己來承擔；
（2、無法設定他項權利。他項權利主要指抵押權、典權。按我國法律規定，房屋抵押實行登記制度，而登記的唯一憑證就是房屋所有權證，所以購房者無法通過房屋抵押來獲得貸款或承擔其它民事責任；
（3、在房屋被拆除時無法按國家政策及相關拆遷法規獲得拆遷補償；
（4、如因項目非法開發而無法辦理房產證，則購房者所購房屋有被強制拆除或被拍賣的風險，購房者將無法通過法律渠道主張自己的權利；
（5、無法部分改建所購房屋；
（6、在土地使用期限界滿時無法申請繼續使用該土地。
而商品房的居住者擁有以上所說的全部權利。
2、產生基礎不同。
國家法律規定土地使用權分為國有和集體所有兩種。城市開發房地產均是國有土地使用權轉讓；農村則是集體土地所有與使用一體。農民申請修房均是在其范圍內審批的宅基地上修建，這種房屋是不納入城鎮房屋交易的范圍，其交易行為和結果不受保護!
3、沒有產權證。
在農村，土地歸集體所有。在這類土地上建造房屋，不用交納土地出讓金等費用。法律規定，農民的住宅不得向城市居民出售，也不得批準城市居民占用農民集體土地建住宅，有關部門不得為違法建造和購買的住宅發放土地使用證和房產證。外來者如果購買了這類房屋，并不能享有房屋的產權，而是居住使用權。
而通常的商品房，購買者享受的是完全獨立產權，有自己的房屋產權證。
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